Казалось бы, обычная прогулка с подругой детства должна была стать для семнадцатилетнего гения-детектива Синъити Кудо лишь мимолетной паузой между расследованиями. Однако судьба распорядилась иначе. Став случайным свидетелем подозрительной сделки, юноша попадает в лапы членов таинственного и беспощадного Черного Синдиката. Вместо пули они используют экспериментальный яд, который, вместо того чтобы убить, превращает Синъити в семилетнего ребенка. Чудом спасшись, он находит убежище у своего старого друга, изобретательного профессора Агасы. Но даже гений техники не в силах вернуть ему прежний облик. А когда на пороге появляется взволнованная Ран Мори, ищущая пропавшего Синъити, отчаявшемуся парню остается лишь импровизировать. Его взгляд скользит по корешкам книг на полке - Конан Дойл, Эдогава Рампо - и рождается новое имя: Эдогава Конан. Так начинается его двойная жизнь.

Теперь, скрываясь под личиной маленького мальчика, Конан поселяется в доме отца Рана, эксцентричного частного детектива Когоро Мори. Используя острый ум, сохранившийся несмотря на уменьшившийся рост, и технические новинки профессора Агасы, юный сыщик начинает вести расследования из тени, направляя тщеславного Когоро к разгадкам самых запутанных дел. Каждое раскрытое преступление - это не только шаг к очищению улиц от зла, но и крошечная ниточка, которая может привести его к разгадке тайны Черного Синдиката и противоядию. Однако самая сложная задача лежит не в области логики: каждый день, живя бок о бок с Ран, которая тоскует по исчезнувшему Синъити, Конан вынужден балансировать на грани разоблачения, скрывая свои истинные чувства и надеясь, что однажды сможет снова стать собой и раскрыть ей всю правду.