Освободившись от прямых обязанностей в подразделении 501, майор Мотоко Кусанаги оказывается в новой, непривычной роли, вынужденная принимать приказы напрямую от начальника отдела общественной безопасности Дайсуке Арамаки. Ее уникальный опыт и кибернетическое тело делают ее ключевой фигурой в формировании особого подразделения, способного противостоять угрозам нового уровня. Когда неизвестный хакер совершает дерзкое вторжение в системы государственной безопасности, старый соратник Бато понимает, что для поимки этого призрака в сети потребуются специалисты иного калибра. Он обращается к ветеранам: бывшему офицеру военной разведки Исикаве, чей аналитический ум помнит каждую операцию, и экс-эксперту по воздушной артиллерии Борме, чья точность не знает промаха.

Параллельно Кусанаги, действуя по указанию Арамаки, ведет свою вербовку, стремясь собрать команду из лучших изгоев системы. В ее поле зрения попадают леденящий душу снайпер Сайто, для которого расстояние - лишь условность, и таинственный агент полиции Паз, мастер скрытных операций и добычи информации. Так начинается формирование нового, девятого отдела, где под одной крышей оказываются люди с кардинально разным бэкграундом и методами работы. Между двумя фракциями - ветеранами Бато и новобранцами Кусанаги - сразу же вспыхивает напряженное соперничество, проверяющее на прочность не только их профессиональные навыки, но и способность стать единым механизмом. Им предстоит не просто найти киберпреступника, а научиться слышать друг друга, ведь противник, способный взломать неприступные цифровые крепости, уже наблюдает за их каждым шагом, ставя под вопрос саму возможность доверия в мире, где любая плоть может быть стальной, а любой дух - уязвим для взлома.