Два года прошло с той поры, как Клауд Страйф и его соратники одержали победу над Сефиротом, отведя от мира тень гибели. Наступила долгожданная, но хрупкая передышка. Сам Клауд, уставший от роли героя, нашел пристанище вдали от суеты, посвятив себя тихой жизни в сиротском приюте. Здесь, среди детей, он пытается обрести покой и стереть из памяти эхо былых сражений.

Однако судьба вновь требует его присутствия. На планету опускается новая угроза - загадочная болезнь, "Геостагмация", безжалостно поражающая людей. Вслед за ней появляется и человек, олицетворяющий эту напасть - таинственный Кададж. Его фигура, окутанная зловещей аурой, не сулит ничего хорошего, а его интерес явно сосредоточен на беззащитных обитателях приюта. Клауду предстоит вновь взять в руки легендарный Бастер-меч, чтобы защитить тех, кто стал ему семьей, и раскрыть связь между болезнью, пришельцем и призраками его собственного прошлого, которое, как оказывается, не желает оставаться погребенным.