В центре событий "Проекта К: Пропавшие короли" - настойчивые поиски, которые ведут Ятагами Куро и его верная кошачья спутница Неко. Их цель - вернуть Адольфа К. Вейсмана, Первого Серебряного короля, чье исчезновение оставило в мире кланов зияющую пустоту. Однако путь к спасению друга оказывается тернистым: могущественный клан Зеленых "Джунгли", возглавляемый бывшим наставником Куро, Мишакуджи Юкари, видит в возвращении Бессмертного владыки угрозу хрупкому балансу сил и готов на все, чтобы воспрепятствовать героям. Противостояние усугубляется личными драмами и старыми обидами, превращая миссию в настоящую проверку на прочность.

Пока Куро и Неко сражаются с "Джунглями", другой клан переживает глубокий кризис. "Хомра", клан Красных, разваливается на части после трагической гибели своего харизматичного короля Суо Микото. В эпицентре этого хаоса оказывается юная Кушина Анна, красная принцесса, оставшаяся без защиты и опоры. Ее уязвимость не остается незамеченной для коварного Зеленого короля Хисуи Нагарэ, который строит далеко идущие планы. Он намерен возвести Анну на пустующий трон, чтобы сделать из девочки марионеточного Красного короля и использовать ее уникальный дар в своей собственной опасной игре, угрожающей потрясти основы всего сверхъестественного общества.