Завершающая часть анимационной трилогии про могущественного монстра, восставшего из глубин океана вблизи Японии. Непрекращающиеся эксперименты с ядерным оружием пробудили ящероподобного гиганта, сметающего все на своем пути. На протяжении столетия цивилизация людей боролась с бессмертным существом, но была способна лишь ненадолго отсрочить свою неминуемую гибель. Люди создали совершенное оружие самоистребления, будучи не в силах с ним совладать. Когда уже большая часть городов лежала в руинах, а планету охватили нужда и голод, объединенная армия землян вместе с инопланетными союзниками смогла поразить чудовище мощным ударом, в результате чего «Годзилла» впал в очередную спячку, аккумулируя силы для финальной атаки.

В отчаянии японское командование вооруженными силами прибегло к крайнему методу борьбы. Ученные активировали древний артефакт, чтобы высвободить мощную энергию в лице «Гидоры», надеясь, что она сможет победить бессмертного врага, но ошибались. Темная сущность обернула свой гнев против человечества, намереваясь окончательно его истребить. На сцену выходит неожиданный союзник – пробудившаяся «Годзилла» и вступает с «Гидорой» в ожесточенную схватку.