В сумерках Второй мировой, когда исход войны был предрешен, пилот-камикадзе Коити Сикисима совершает посадку на отдаленном острове Одо, нарушив свой смертельный приказ. Эта минутная слабость оборачивается кошмаром, когда на базу обрушивается древнее чудовище, которого местные жители в ужасе называют Годзиллой. Пережитая травма навсегда меняет Коити, оставляя в его душе шрамы куда более глубокие, чем те, что оставила война. Он возвращается в Токио, превращенный в пепелище, где его ждет лишь груда обломков от родного дома и память о погибших родителях. В этом аду, где каждый выживает в одиночку, его судьба неожиданно пересекается с судьбой молодой женщины Норико и спасенного ею младенца - так, среди руин, возникает хрупкое подобие семьи, дарующее призрачную надежду на будущее.

Проходят годы, и страна медленно залечивает раны. Коити находит опасную, но необходимую работу в команде по очистке Токийского залива от морских мин, символизм которой невозможно не заметить: он пытается обезвредить прошлое, которое все еще таится в глубинах. Кажется, жизнь понемногу налаживается, но тень с острова Одо не исчезла. Годзилла, пробужденный и многократно усиленный мощью ядерных испытаний на атолле Бикини, возвращается, воплощая в себе новую, апокалиптическую угрозу. Хлипкое суденышко Коити и его товарищей оказывается на пути этого живого оружия возмездия, и теперь бывшему пилоту предстоит не просто столкнуться с монстром лицом к лицу, а совершить свой главный выбор. Ему придется сражаться не за империю, а за тех, кого он теперь называет семьей, и за право всего человечества на завтрашний день, в финальной битве, где ставкой является само существование Японии.