Сэнку Исигами, гениальный ученый каменного мира, продолжает свое эпическое путешествие к разгадке величайшей тайны - природы того самого зеленого света, что сковал человечество в камень на тысячелетия. Его цель - добраться до истока этой глобальной катастрофы, и для этого ему необходим не просто корабль, а настоящее океанское судно. Объединив усилия с бывшими подручными Цукасы Сисио, Сэнку приступает к грандиозной стройке, воплощая в жизнь чертежи из учебников по судостроению. Однако даже самый совершенный корабль - всего лишь груда дерева и парусов без умелого капитана, способного бросить вызов бескрайним и неведомым водам постапокалиптического мира.

В ходе поисков подходящего лидера судьба преподносит команде неожиданную находку - каменную статую молодого человека, который при жизни был наследником могущественного морского конгломерата. Это Рюсуй Нанами, личность с противоречивой репутацией, известный своим тяжелым характером, но при этом обладающий бесценными, почти инстинктивными знаниями о навигации, парусах и морских путях. Перед Сэнку встает сложнейший выбор: воскресить человека, чьи моральные принципы далеки от идеалов Царства Науки, но без чьей помощи их миссия обречена на провал у самого берега. Это рискованный эксперимент, где на кону не только успех плавания, но и хрупкий баланс внутри самой команды, ведь гений и талант далеко не всегда идут рука об руку с добродетелью.