Синдзи Икари, все еще раздираемый внутренними противоречиями, понемногу начинает привыкать к своей роли пилота Евы-01. Однако его хрупкое равновесие вновь оказывается под угрозой с появлением новых лиц в штабе NERV. В его жизнь врывается Аска Лэнгли Сорью, самоуверенная и темпераментная пилотесса из Германии, которая, в отличие от Синдзи, видит в управлении гигантским роботом не бремя, а призвание. Ее переезд в тесную квартиру Мисато Кацураги добавляет в повседневность Синдзи и Рэй Аянами хаоса и жарких споров, заставляя юношу по-новому взглянуть на свое одиночество.

Параллельно в городе-крепости Токио-3 появляется загадочная британка Мари Иллюстриас Макинами, чья беззаботная манера пилотирования и странные высказывания будоражат умы команды. А в штаб возвращается Рёдзи Кадзи, харизматичный и неоднозначный старый знакомый Мисато, чье присутствие пробуждает в капитане давно забытые, болезненные воспоминания. Пока пилоты успешно отражают атаки таинственных Ангелов, в тени гигантских геофронтов назревают иные битвы - эмоциональные и психологические. Сложная паутина взаимоотношений между Синдзи, Аской, Рэй и взрослыми начинает плестись, где каждое невысказанное чувство и скрытый мотив могут стать такой же угрозой, как и вторжение извне, постепенно приближая всех к неотвратимой точке невозврата.