Когда таинственная сила начинает безжалостно топить военные суда по всему миру, общественность винит в этом легендарное морское чудовище. В погоню за загадочным существом отправляется экспедиция на фрегате "Авраам Линкольн", а в ее составе - знаменитый парижский профессор Пьер Аронакс, эксперт в области морской биологии. Его сопровождает верный и невозмутимый слуга Консель, а также вспыльчивый и мастеровитый канадский гарпунер Нед Лэнд, мечтающий добыть невиданный трофей. Их миссия кажется ясной: найти и уничтожить угрозу. Однако судьба готовит им встречу не с живым существом, а с творением человеческого гения, скрывающимся в морской пучине.

После яростного, но безуспешного столкновения трое мужчин оказываются выброшенными за борт и, к своему изумлению, находят спасение на металлической палубе того самого "чудовища". Им становится "Наутилус" - фантастический подводный корабль, опередивший свою эпоху на столетия. Его капитан, загадочный и харизматичный Немо, предоставляет пленникам убежище, но навсегда лишает их свободы, объявляя, что отныне они - вечные пассажиры его субмарины. Так начинается невероятное путешествие через подводные царства, где профессор Аронакс забудет о своей карательной миссии, ослепленный научным восторгом от открывающихся чудес: затонувших городов, светящихся глубин и фантастических существ. Но за блеском коралловых садов и сокровищ моря скрывается мрачная тайна самого капитана Немо, чья непримиримая война с миром на поверхности таит в себе трагедию и неумолимую жажду мести, которая в любой момент может настигнуть и его гостей.