В мире, где руины городов стали привычным пейзажем, а угроза нового удара витает в воздухе, наступает неожиданная передышка. Воздушный флот WILLE, окрепший после дерзкой парижской миссии, готовится к решающему противостоянию. Но для Синдзи Икари война временно отступает на второй план. Погруженный в пучину собственной вины и отчаяния после трагических событий, связанных с Каору и Четвертым ударом, он движется словно автомат, следуя за решительной Аской и загадочной, безмолвной Рэй через выжженные земли. Их странствие приводит не к очередной военной базе, а к Третьей деревне - удивительному поселению, где жизнь, вопреки всему, продолжается по своим, простым и человеческим законам.

В этом хрупком убежище, где главными ценностями становятся урожай, взаимопомощь и тихий вечерний разговор, Синдзи сталкивается с реальностью, которую почти забыл. Здесь нет пилотских кресел, синоптических сигналов или тактических карт - только повседневный труд и медленное исцеление ран, нанесенных миру. Эта идиллия, однако, не является бегством. Для юноши, несущего на своих плечах тяжесть глобальных катастроф, жизнь в деревне превращается в самое сложное испытание - ему предстоит заново научиться быть просто человеком, понять ценность обычного дня и столкнуться с вопросами искупления и ответственности перед теми, кто продолжает жить, а не выживать. Именно в этой тихой гавани, контрастирующей с грандиозным масштабом вселенского конфликта, начинают раскрываться нити, ведущие к финалу всей саги, подготавливая почву для эмоционального и философского завершения, которое затрагивает самые основы мироздания "Евангелиона".