Синдзи Икари очнулся в мире, который перестал быть ему знаком. Его последнее воспоминание - отчаянная попытка вырвать Рэй Аянами из плена Ангела, закончившаяся долгим забвением. Теперь же он обнаруживает себя в цепях, в буквальном смысле: на его шее - сдерживающий ошейник, а вокруг - холодные взгляды бывших союзников. Мисато Кацураги, Аска Лэнгли Шикинами и другие, кого он считал друзьями, теперь являются командой WILLE, ведущей безжалостную войну против NERV, организации, что когда-то была их общим домом. Мир за четырнадцать лет, прошедших после катаклизма Третьего удара, изменился до неузнаваемости, но для пилотов Евангелионов время остановилось, сковав их тела в подростковом возрасте проклятием, которое стало платой за силу.

Оказавшись в эпицентре этого нового, чуждого конфликта, Синдзи слышит от Мисато горькие слова о том, что Рэй больше нет. Однако реальность вновь опровергает его хрупкие ожидания. В разгар противостояния на сцене появляется загадочный боевой робот новой серии "Марк", и его пилот, та самая девушка, чей образ он пытался спасти, совершает дерзкую вылазку. Этот поступок не просто нарушает планы WILLE, но и бросает вызов всему, что Синдзи успели рассказать о произошедшем. Освобождение из недр гигантского воздушного линкора становится лишь началом нового, еще более мучительного пути, где границы между спасением и предательством, между исправлением ошибок и новым падением окончательно стираются, заставляя героя вновь искать ответ на вопрос, способен ли он что-то изменить.