В самом сердце Нью-Йорка, за фасадом обычного зоопарка, базируется самое необычное и дерзкое спецподразделение на планете. Это не люди в камуфляже, а четверка бесстрашных пингвинов: тактический гений Шкипер, мозговой центр Ковальски, мастер взрывных устройств Рико и душевный рядовой, чье имя говорит само за себя. Их мир - это не ледяные просторы Антарктики, а лабиринты вольеров, служебные тоннели и крыши города, которые они превратили в полигон для своих сверхсекретных миссий. Каждый их день - это тщательно спланированная операция по защите территории, добыче рыбы или отражению нападок назойливых лемуров, живущих по соседству.

Их владения простираются далеко за пределы зоопарка, уходя в таинственные глубины городской инфраструктуры. Используя импровизированные гаджеты и невероятную изобретательность, отряд прокладывает путь через канализационные коллекторы и темные тоннели метро, превращая подземку в свою личную скоростную магистраль. Здесь, в мире ржавых труб и гула проходящих поездов, пингвины из Мадагаскара отрабатывают сложнейшие маневры и готовятся к любым неожиданностям, ведь их главная задача - поддерживать безопасность и порядок в своем маленьком, но таком важном уголке мегаполиса, оставаясь при этом его самой забавной и хорошо замаскированной тайной.